| RNA数据库 |
| RNAcentral |
ncRNA数据库，包含个各个物种的RNA数据 |
| CSRDB
|
水稻玉米小RNA数据库，该数据库包含了miRNA,siRNA，ta-siRNA的信息 |
| 综合性数据库 |
| Gramene
|
各种作物基因组信息的数据库，同时具备高级的各基因组间的分析功能 |
| Bar
|
一个大型植物综合性数据库网站（内容完善，功能极为强大，界面友好） |
| NCBI
|
这个就不用介绍了吧，大家都懂,无所不能 |
| 植物基因组序列、SNP及功能基因组数据库 |
| Funricegene
|
水稻功能基因数据库，最大的优点是查找已报告的所有水稻基因的相关文献 |
| TAIR |
拟南芥基因组数据可 |
| mbkbase |
植物基因组数据库 |
| ricevarmap |
水稻snp数据库，包括4000+份水稻的重测序数据 |
| NIP(MSU) |
日本晴参考基因组网站 |
| DNA序列元件分析数据库 |
| Promoter Scan |
启动子预测 |
| ORF Finder |
ORF预测 |
| PlantPan3.0
|
启动子分析网站，仅可以有效地应用于植物启动子中关键顺式和反式调控元件的预测，
而且可以在特定条件下重建转录因子 -靶点之间的高置信度关系 |
| 基因同源及进化分析 |
| Gcorn plant |
一键了解基因的所有同源基因及进化关系 |
| Phytozome |
最常用的植物同源性分析网站 |
| 基因表达谱数据库 |
| Bar
|
一个大型植物综合性数据库网站（内容完善，功能极为强大，界面友好） |
| RICEXPRO |
水稻表达谱数据库 |
| 蛋白研究及功能预测数据库 |
| uniProt |
包含三大蛋白质序列数据库，Swiss-Prot（最准），TrEMBL 和PIR |
| PFAM |
最常用的蛋白结构域搜索数据库 |
|
PDB |
PDB存储生物大分子3D 结构。这些生物大分子除了蛋白质以外还包括核酸以及核酸和蛋白质的复合物。只有通过实验方法获得的3D 结构才会被收入其中 |
| swiss-model |
三级结构预测，同源建模网站 |
| expasy |
蛋白功能结构域预测网站 |
| smart |
蛋白功能预测网站 |
| interpro |
蛋白序列结构域分析预测网站 |
| 其他 |
| BIOsoft |
虽然界面不太友好，但是这是一个功能非常其强大的序列在线处理工具网站（可以实现对序列处理的诸多功能） |
| Funricegene |
水稻功能基因数据库，最大的优点是查找已报告的所有水稻基因的相关文献 |